Người đứng đầu ủy ban kế hoạch nhà nước chủ nhiệm ủy ban, giúp việc cho chủ nhiệm ủy ban là các phó chủ nhiệm ủy ban.

Chủ nhiệm và các phó chủ nhiệm ủy ban kế hoạch nhà nước được điều động bổ nhiệm, miễn nhiệm và cách chức bởi Chủ tịch Hội đồng bộ trưởng hay Thủ tướng chính phủ.

Dưới cấp lãnh đạo chủ chốt ủy ban là các vụ trưởng, phó vụ trưởng các vụ,các trưởng ban,phó trưởng ban kế hoạch của trung ương và địa phương trực thuộc ủy ban kế hoạch nhà nước.